El Señor de los Cielos está preso en un bunker de la marina mexicana. Ha pasado meses encerrado entre cuatro paredes sin saber si es de día o de noche, soportando el duro castigo de torturadores que buscan sacarle los nombres y paraderos de sus cómplices. Pero Aurelio no ha abierto la boca, porque el verdadero dolor no lo siente en el cuerpo con cada golpe, sino por dentro, en su conciencia, por haber perdido su libertad, su imperio, la vida de Heriberto su primogénito, el cariño de sus hijas, de Mónica Robles y de todas las mujeres que lo amaron.
Pero lo peor aún está por suceder. En el momento en que cree que ya no tiene nada más que perder, Aurelio Casillas recibe el golpe más duro: Chacorta ha sido salvajemente asesinado. La inmensa conmoción lo despierta de su letargo y de su tristeza, porque entiende que si quiere cuidar a los suyos y vengar la muerte de su hermano, debe recuperar urgentemente la libertad. El problema es que para salir de esa celda no hay otra opción: El Señor de los Cielos deberá venderle el alma al diablo… y en este caso, el diablo es la ley.
A pesar de los esfuerzos que hace la ahora agente de la DEA, Leonor Ballesteros para extraditarlo a USA, Aurelio logrará negociar su libertad con Tim Rawlings, un miembro antiterrorista de la CIA, que impulsado por sus ambiciones personales, no tendrá escrúpulos para lograr el objetivo de llegar a la cima de ese organismo de seguridad.
De nuevo en las calles, pero trabajando para Tim como informante y encargado de ejecutar los “trabajos sucios” que él le asigna, Aurelio intentará paralelamente eliminar al sospechoso número uno de la muerte de su hermano y nuevo capo del crimen organizado mexicano: José María Venegas.
El impedimento para cumplir ese plan de venganza es nada menos que Rutila Casillas, que duda que el padre de su hijo recién nacido sea el autor de ese crimen y cree en la versión que el mismo Chema ha echado a rodar, en la que el responsable del atentado ha sido Tijeras, ahora capo de la producción de cocaína en Colombia.
En ese escenario plagado de sospechas y atrocidades, comenzará un juego de traiciones en el que Aurelio, motivado por la sed de venganza y queriendo recuperar el poder perdido, irá atravesando todos los límites.
Organizará su entorno buscando darle respuesta a la declaración de guerra contra el narco que ha lanzado el nuevo presidente de México, Enrique Morejón, y también defenderse de la irrespetuosa amenaza de una nueva generación de crimen organizado, encabezada por el cartel de ”Los EMES”.
Caminando por la cuerda floja del bien y del mal, El Señor de los Cielos logrará resurgir finalmente de las cenizas e imponerse con ingenio a sus rivales. Pero embriagado por el éxito, una vez más querrá ir “más arriba que el cielo”, sin poder evitar que en el momento menos pensado, las fichas que había montado con cuidado, caigan en efecto dominó, en una apasionante tercera temporada que combinará acción, romance y suspenso en forma explosiva.